為了再提升兒童疫苗施打率，臺南市政府在暫停實體授課期間，將從6月7號到9號三天在新進國小、培文國小、安順國小、文元國小、永康國小、正新國小、東區復興國小、億載國小及文化國小等9所中心學校，分區規劃5到11歲輝瑞BNT疫苗校園施打作業。另外，6月7號到12號將在「臺南打疫苗」持續接受平臺預約，以提供家長多元的選擇。

市府教育局長鄭新輝表示，請家長及學童持健保卡、接種意願書並全程佩戴口罩，依照分配時段分流前往施打，以避免擁擠並減少等待時間；私立幼兒園滿5足歲的幼兒家長，可以依照所在區域，選擇到鄰近的中心學校施打。如果家長無法依照安排的時段前往，仍可以彈性調整到其它區域的學校及時段施打。到校園施打疫苗的兒童家長，不用上平臺預約，如果之前並未繳交校園疫苗接種意願書，只要當天有意願入校施打的兒童家長，也可以到現場填寫意願書。

教育局長鄭新輝指出，教育局已經請各校在今天中午12點前，協助將分流時段轉知每位學童家長，如果沒有收到通知的家長也不用緊張，可以上網查詢或電話詢問導師；當天各校也會派員到場協助，希望提供便利及友善的兒童疫苗施打氣氛。各校詳細接種時間和流程已經公布在「臺南市政府教育局資訊網」。