為了降低旅外民眾返鄉慶端午，恐怕造成疫情擴散的疑慮，市府交通局提出「端午返鄉車票退票獎勵金」200元，也不斷滾動檢討並強化各項公共運輸防疫措施，除了在轉運站佈設消毒毯，也在台南轉運站增設紅外線熱顯像儀，持續為民眾健康來把關。

市府交通局長王銘德表示，市長黃偉哲相當重視公共運輸的防疫措施，現行措施都依照三級警戒程度辦理，更特別指示交通局在台南轉運站出口增設紅外線熱顯像儀設，讓旅客離開時可以自主管理體溫，如果旅客發現有發燒情形，請立即就醫，不要直接返家，降低將病毒帶回家的風險，提升防疫效果。

王銘德指出，為了避免端午連假返鄉人潮可能造成的疫情，市長黃偉哲再次呼籲旅外民眾非必要不要返鄉。如果一定要返鄉，市府也開放網站預約快篩，希望返鄉旅客在6月11號到6月14號能主動進行快篩，快篩地點設立在南區松柏育樂中心篩檢站、永康區衛生所、新化體育場篩檢站及新營醫院，讓返鄉旅客就近快篩安心過節。

交通局說，大台南公車嚴格執行車內及轉運站內全程配戴口罩、禁止飲食措施，公共運輸場站也由環保局定期實施戶外50公尺公共環境消毒作業，場站、車輛不但每天消毒，也要求每4到6小時針對扶手、拉環、座椅等重點區域加強。