近期常有東北季風或大陸冷氣團來襲，氣溫變化大且天氣型態不穩定，低溫下，容易造成魚蝦腸胃消化不佳而產生疫病問題，臺南市動物防疫保護處建議應該隨著氣候變化調整餵飼方式及投餌量，並應該定期監測水質狀況，動保處提醒養殖戶，已經收成完的魚塭應該進行整池工作，包括曝曬、翻土及消毒。如果能做好整池工作，在日後飼養期間將會減少水質不良問題及寄生蟲病或細菌性疾病的發生。

動保處指出，養殖池在收成後，放乾池水，應該利用冬季少雨時機曝曬池底、翻土或挖除底泥和撒布生石灰、漂白粉等，再行入水、消毒、養水，做好養殖環境管理後再放養魚、蝦。如果未做整池就又繼續放養，車輪蟲、杯狀蟲、鐘形蟲、指環蟲及異形吸蟲等寄生蟲，弧菌、產氣單胞菌、發光桿菌等細菌，將隨池底底質不良、池水中有機物質增加而容易孳生，臨床上可見魚蝦發生浮頭、食慾減退及不安定狀況，當大量寄生蟲或細菌感染時，甚至可見魚蝦異常死亡。另外，池底經長期累積有機物質會出現所謂的「老化」現象，容易在氣候不穩定時，池底的壞菌分解有機質後產生有毒氣體，如硫化氫、甲烷、二氧化碳等沼氣，大量產生容易使魚蝦缺氧及中毒，嚴重甚至造成泛池。